飛行機が雲の中を飛行すると揺れるのは、気流の影響。

特に積乱雲であれば、上昇気流と下降気流のどちらも発生しており(雲中に雨粒が滞在するくらい)、その中を飛行すると、機体が気流の影響を受けるため揺れる。

ちなみに、ジェット気流は時速300Kmになるものもある模様。

そりゃ、揺れますよね。